Les spécialités de M2 forment des diplômés en vue d'une insertion professionnelle, majoritairement dans les secteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur (y compris en milieu hospitalier), de l'industrie des biotechnologies, pharmaceutique et agroalimentaire, ainsi que dans les agences publiques de contrôle dans le secteur agroalimentaire et sanitaire.

Les débouchés naturels varient bien sûr d'une spécialité à l'autre selon, par exemple, le type de formation (M2 Recherche' ou Professionnel') ou l'importance de la recherche clinique dans la discipline concernée. Au-delà des ces débouchés naturels' communs, les connaissances scientifiques et les compétences transverses acquises peuvent être également  valorisées dans un éventail plus large de domaines d'activité tels que le journalisme, la veille sanitaire ou technologique, le conseil ou la vente.